Vân Đồn có 12 đơn vị hành chính gồm thị trấn Cái Rồng và 11 xã: Bản Sen, Bình Dân, Đài Xuyên, Ðoàn Kết, Ðông Xá, Hạ Long, Minh Châu, Ngọc Vừng, Quan Lạn, Thắng Lợi, Vạn Yên.

Về địa lý, Vân Đồn được phân tách làm 2 phần như sau:

• 7 xã, thị trấn trên đảo Cái Bầu và các đảo nhỏ trong vùng biển phụ cận đảo Cái Bầu, ở phía Tây Bắc của huyện, là các xã: Ðông Xá, Hạ Long, Bình Dân, Ðoàn Kết, Ðài Xuyên, Vạn Yên và thị trấn Cái Rồng;
• 5 xã thuộc tuyến đảo Vân Hải vòng ra ngoài khơi, ôm lấy rìa phía đông của vịnh Bái Tử Long, là các xã: Minh Châu, Quan Lạn, Ngọc Vừng, Bản Sen, Thắng Lợi.